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Klaus Thoden arbeitet derzeit für die GWDG Gesellschaft für wissenschaftliche Datenverarbeitung mbH Göttingen in einem Kooperationsprojekt mit dem Max-Planck-Institut für Wissenschaftsgeschichte. Seit 2015 ist er der technische Leiter für die Edition Open Access Publication Infrastructure. Ziel der Zusammenarbeit ist es, die Textkonvertierungswerkzeuge und die Publikationsplattform bei der GWDG zu implementieren, um diese Dienste breit verfügbar zu machen.